薛定谔07:借助Schrodinger软件由单个配体创建药效团模型
药效团(pharmacophore)是配体被生物大分子进行分子识别所必需的物理化学特征及其空间排布。这些“药效特征元素”是配体与受体发生相互作用时的活性部位,它们可以是某些具体的原子或原子团,比如氧原子、羟基、羰基等,也可以是抽象的化学功能结构,如疏水团、氢键给体、氢键受体等。药效团模型方法就是一种最为杰出的基于配体结 构的药物分子设计方法。 药效…
薛定谔06:借助Schrodinger软件进行基于结构的虚拟筛选(下篇)
从原理上来讲,虚拟筛选可以分为两类,即基于受体(Receptor-based virtual screening)的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选,利用分子对接技术,基于受体的三维结构,在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子,然后对可能…
薛定谔05:借助Schrodinger软件进行基于结构的虚拟筛选(中篇)
从原理上来讲,虚拟筛选可以分为两类,即基于受体(Receptor-based virtual screening)的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选,利用分子对接技术,基于受体的三维结构,在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子,然后对可能…
薛定谔04:借助Schrodinger软件进行基于结构的虚拟筛选(上篇)
从原理上来讲,虚拟筛选可以分为两类,即基于受体(Receptor-based virtual screening)的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选,利用分子对接技术,基于受体的三维结构,在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子,然后对可能…
薛定谔03:借助Schrodinger软件可视化配体-受体复合物结构
为了达到文章发表的需求,我们需要对分子模拟计算后的图像进行处理,以得到高质量的图片。而Schrodinger软件中自带了多种方式更改配体/受体显示形式,预设也提供了以多种样式快速渲染结构。 本次教程以1FJS以及原配体为例,对更改配体及蛋白的显示类型、生成表面以及生成2D相互作用方式图进行详细步骤解读,以获取可用于文章发表的图像。 ①设定配体及受体…
薛定谔02:借助Schrodinger软件对受体蛋白进行预处理与结构优化
借助Schrodinger软件对蛋白结构进行预处理与结构优化,以该方法处理完成的蛋白结构可用于分子对接、建模等以蛋白受体结构为研究对象的研究任务。 蛋白处理 从PDB、供应商和其他来源获得的结构文件往往缺乏执行建模相关任务所需的信息。通常,这些文件缺少氢、部分电荷、侧链和/或整个loop区域。为了使这些结构适合于建模、分子对接等任务,我们使用Sch…
薛定谔01:Schrodinger软件对配体小分子构象、能量优化方法
本文收发于:叮当学术 在进行分子对接之前,如果需对接的小分子为1D或2D结构,我们首先要将小分子转换为三维结构并进行加氢、加电荷、生成分子构象等标准化处理。这里我们将以Schrodinger软件包中的小分子处理工具LigPrep来对小分子进行处理,经该步骤处理完成的小分子可用于分子对接、虚拟筛选等以小分子为研究对象的分子模拟计算研究。 一、小分子处…
薛定谔00:Schrodinger(薛定谔)药物发现的完整软件包
Schrodinger(薛定谔)是药物发现的完整软件包,它可以实现以下各种应用: 1. 高通量虚拟筛选:薛定谔软件的虚拟筛选功能提供一站式的设置界面,用户可以定义特定的性质,以便过滤掉不满足性质的化合物,在多CPU的集群上高速完成针对大规模化合物库的虚拟筛选工作;所需模块:Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap…
PK-Sim®教程系列06:新建时间-药物浓度模拟
一、数据选择 1.点击Create→Simulation 2.Module Structure模型结构 教程中以标准欧洲男性使用Theophyline,100mg Q8h7d为例演示,化合物符合标准小分子模型 3.Compounds 一般情况下保持默认即可 4.Processes 处理过程参考之前的模型设置,保持默认即可 5.Administrat…